Tja, SBS ist ja quasi 2 Bilder nebeneinander in einem. Da hilft nur schneiden und neu encoden, was natürlich mit einem Qualitätsverlust behaftet ist. Und DVDFab kann das nicht.
Alternativ kann man SBS aber auch in 2D abspielen. XBMC bzw. KODI kann das softwareseitig auf diversen Geräten. 3D-Fernseher können es auch.
Womit spielst du ab?